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[经验] 细胞计数快准狠,还得靠ImageJ这两把刷子!

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    发表于 2017-9-2 21:30:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
    本帖最后由 Cracker 于 2017-9-2 21:37 编辑

    作者:子非鱼
    遥想当年,初遇细胞实验时,最让小编头疼的就是给细胞计数了。虽然计数板这个傻瓜式检测方法比较简单粗暴,但总会让人晕头转向、数到眼瞎,而且万一一个不小心被其他人打断了思路,分分钟前功尽弃,真是恨不得以头抢地尔。

    0fd73070878b079ac3cfe7dc4c2eb899.jpg 然而各位小伙伴之所以觉得数细胞如此辛苦,是因为大家还没有掌握细胞计数的正确操作。此时,ImageJ这个大家耳熟能详的图像操作软件,携带着两大法宝,可快速将大家从数细胞这个大坑中解救出来。
    法宝一:多点工具法
    1. ImageJ打开一张需要计数的图片。

    721575530ae0733624ff641195c7b0fe.jpg
    2.激活多点工具。其位置在点工具菜单里 fbb0d3217769e71788b480f71d7e171e.jpg ,右击点菜单,选择多点工具 f85dc63d24eb5ce1c74383628a23fc89.jpg

    0cae05fbeb79293b45e87d8c704227bf.jpg
    a1e383e2b3d30949b00b57d46919e5a8.jpg
    c8edd5fa88f066f90170271818b4cde0.jpg

    3.直接在图中点击目标即可,软件会自动在点旁边出现数字代表数量。

    a32d7842ecb388ac8a2301e21903e5d5.jpg

    4: 双击点工具菜单,可以修饰点的形状(Type)、颜色(Color)、大小(Size)。但记住勾选 Label points。

    712be37063c4bb9d3a7d05f3f3f163f6.jpg

    5: 若点选错误,可以按住Alt,然后单击点,就会去除点,并且重新计数。

    567287dd559a745a23cdbc01795b2d57.jpg
    法宝二:阈值分割法
    1. 将图像拖动到Image J工具箱中,点击Image > Type > 8-bit ,将图片变为黑白图,细胞为白色,背景为黑色。

    96808f3eff216c884e927d2a58c280f1.jpg
    2. 反转图片,Edit>Invert,使得细胞为黑色,背景为白色。随后调整阈值, Image>Adjust>Threshold,通过阈值窗口中的滑块调节合适的阈值,将目标包含在阈值内。调节合适后,点击阈值窗口中的应用Apply,则调节好的区域就变成黑色区域。

    75537574f541ead39e5036cbadef8f8b.jpg
    3.Analyze>Analyze Particles。弹出窗口,Size表示设定以像素为单位的区域大小是我们想要计数的。勾选Display results(显示结果),Clear results,Summarize(总数)即可。也可以在Show下拉菜单选择Outlines,展示区域轮廓。

    5b800c4a4317faac67c65c157a584915.jpg
    4.点击OK,弹出结果窗口,从中我们可以看到细胞总计数,也可以看到目标区域的整体面积,以及每个目标区的面积。

    cbdc881d536df626b950b444f4dd3cc9.jpg
    参考文献:Quick and Easy Automatic Cell Counting
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