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2020你好呀~
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【图文教程】CrystalMaker 数据的导入

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  • TA的每日心情
    煎熬
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    发表于 2017-3-2 16:04:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
           前言:做材料相关研究,必然要涉及到晶体。自然界中大部分材料都是晶体。小编回想当年学习晶体学和结构化学的时候,因为空间想象力差,甚是痛苦。七大晶系、十四个布拉维空间格子、32种点群,还有立方密堆积、六方密堆积等等,这些概念在大脑了完全成了浆糊。科技文献中常碰到有关晶体结构的描述。比如:纤锌矿结构、闪锌矿结构、面心立方、体心立方以及TEM中的各种晶面视图(001)、(111)等等。对于这些结构名称常常是一知半解。所以无论是从晶体学基础知识、还是从科研分析角度出发,一款好用的3D晶体结构模拟软件必不可少。正文:关于晶体结构模拟软件,我只知道有两种:CrystalMaker和Diamond。       本期内容向大家介绍CrystalMaker这款软件,主要内容包括:数据的导入、基本内容介绍。
    打开软件,界面如图1所示。界面主要分为三个部分,主视图、工具栏和状态栏。具体功能将在后面的实例环节穿插介绍。图1
    77043918_1.jpg
           1. 数据的导入:数据的导入方法有两种,一:在已知晶体结构信息的情况下,可以直接创建晶体;二:从数据库下载所需的晶体结构卡片,并导入。创建晶体:依次选择File — New Crystal,出现如图2所示对话框{创建一个晶体结构一般需要三大信息:所属空间群、晶胞参数、原子坐标}。
    77043918_2.png
    图2首先点击Browse键,选择空间群,如图3所示。
    77043918_3.jpg
    图3空间群选定后,回到图2所示对话框。在对话框中间区域输入晶胞参数。点击Add键可以输入各原子坐标,如图4所示。设置完成,点击OK。
    77043918_4.jpg
    图4搜寻各种Crystalmaker教程。对于数据的导入,绝大多数都介绍上面一种方法,而且所用的例子都是Mg Al O 尖晶石的晶体结构。但是现实中,谁又会记得这些细节参数呢?所以更为常用的方法的第二种从数据库导入。步骤如下:第一步,从晶体结构数据库搜索所需结构并下载晶体结构信息文件(比如CIF格式文件);第二步,直接将信息文件导入到CrystalMaker。据我所知,常见的晶体结构数据库有两个:COD(图5 - 7) 和ICSD(图8)。
    77043918_5.jpg 77043918_6.jpg 77043918_7.jpg 77043918_8.jpg
    后者是无机晶体数据库。图5图6图7图8比如在COD中,可以通过多种方式检索(图6)。检索完成后,可以下载相应的CIF格式文件,同时可以找到对应的文献详情(图7)。有一个小软件叫“Findit”,用来查询晶体结构信息很方便,我们有机会再专门介绍它。2. 基本功能介绍:a. 两大工具栏:小编将CrystalMaker的工具栏分为两个部分,分别位于主视图左侧和上部。左侧工具栏以及具体功能介绍见图9。
    这些功能包括选择、旋转等操作。图9上部工具栏及其具体功能介绍见图10。
    77043918_9.jpg

    77043918_10.jpg
    图10b. 两大状态栏状态栏分为右侧和下侧两部分。右侧显示原子种类、颜色和大小。下侧显示截图和历史操作记录。对于这些图标和状态栏的学习,最好的方式是多试。许多图标的细微差别难以言表,只有自己多操作才能体会。

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  • TA的每日心情
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    发表于 2017-3-13 09:43:14 | 显示全部楼层
    学习了,有用!{:4_109:}
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    这个是好东东啊
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    差一点就错过了一篇好文。。。
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    发表于 2017-3-20 15:36:41 | 显示全部楼层
    学习了,谢谢分享、、、
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    发表于 2017-3-20 16:55:56 | 显示全部楼层
    沙发!习惯性沙发!
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    发表于 2017-3-20 21:58:48 | 显示全部楼层
    谢谢楼主,共同发展
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    发表于 2017-3-21 19:49:43 | 显示全部楼层
    相当不错,感谢无私分享精神!
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